¿Qué puede ser si estoy planificando desde hace tres meses con la inyección, tuve relaciones con condón pero no me ha llegado mi menstruación? 

Por el tiempo que se lleva planificando no hay probabilidades de embarazo, ya hay niveles anticonceptivos en sangre, por otro lado que no se haya tenido menstruación aún es porque el medicamento inhibe la ovulación y sin ésta no hay menstruación, es un efecto secundario muy común de este tipo de métodos.