¿Por qué si tomé Monuril por Cistitis y ahora tengo dolor en los riñones? 

Pueden ser muchas cosas. Si el dolor se acompaña con fiebre puede ser que la infección esté comprometiendo los riñones y que se requiera otro tipo de antibiótico. Si en cambio, es un dolor muy fuerte, de un solo lado y que baja hasta la ingle con o sin sangre en la orina, puede indicar presencia de cálculos. Si se presenta algo de esto es mejor consultar a urgencias.