El tratamiento definitivo para esta entidad es la cirugía, la recidiva después de cirugía es baja. Sin embargo no hay manera de evitar su aparición, debido a que su posible origen es una mutación en un gen específico. Los pilomatrixomas pequeños pueden ser vigilados si están asintomáticos, pero pueden presentar infección a repetición e implicancias anatómicas o cosméticas importantes.