El diagnóstico microbiológico es esencial para su tratamiento, ya que este varía en función del agente etiológico y el tipo de lesión ungueal. En las Onicomicosis causadas por dermatofitos, las más frecuentes y que generalmente afectan a las uñas de los pies, no suele ser suficiente el tratamiento tópico, requiriendo la mayoría de las ocasiones, tratamiento oral prolongado. La combinación de Terbinafina oral y Amorolfina en laca es el esquema terapéutico de elección. En la mayoría de las Onicomicosis por levaduras, que afectan sobre todo a las uñas de las manos, las lacas de Amorolfina o Ciclopiroxolamina son suficientes para la curación. La Onicomicosis causada por mohos no dermatofitos es infrecuente y, para evitar confusiones con contaminantes ocasionales, el diagnóstico siempre debe confirmarse con dos o más cultivos positivos, por lo tanto evitar la automedicación y consultar con el médico.