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Yo creo que NO DEBES preocuparte, muchas veces puede ser únicamente percepción del médico, teniendo en cuenta que antes nadie lo había notado probablemente no sea nada grave, además una pequeña desviación de la entrada del canal vaginal NO representa ninguna enfermedad, sólo sería una variación de la anatomía usual.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.