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Entiendo la situación, lo que realmente puede estar ocurriendo es que este presentando efectos secundarios debido al uso de la píldora de emergencia debido a su gran carga hormonal, entre ellos destacan:
Por lo que tardará al menos un ciclo en reestablecerse su menstruación normal sin embargo si persiste con las molestias es mejor consultar con su médico de cabecera. Espero le sea de ayuda y no olvide calificar.