¿Qué puede ser si me entró algo al ojo derecho y posterior a esto me comenzó una Cefalea intensa pero pasajeras?  

No se cree que tenga relación directa el cuerpo el extraño y el desencadenamiento de Cefalea, son dos cosas distintas coincidenciales. Si se tiene Cefalea, se puede manejar inicialmente con analgésicos de potencia leve a moderada de venta libre y ver cómo responde, si no hay mejoría se puede hacer una consulta prioritaria o de urgencias para manejo con medicamentos más fuertes.