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Si, podría tratarse de un efecto secundario del anticonceptivo.
Algunos de los efectos adversos de los anticonceptivos hormonales (pastillas, inyecciones, implantes, etc) incluyen: dolor pélvico tipo cólico, dolor en el busto, dolor abdominal, diarrea o estreñimiento, náuseas o vomito, irregularidades del ciclo menstruales cómo sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, variación de la cantidad de sangrado menstrual, entre otros.
No considero que tus síntomas actuales estén relacionados con la relación sexual, además la efectividad de éste dispositivo es mayor al 99% y las probabilidades de embarazo son muy muy bajas.
Si los síntomas son muy molestos para ti, puedes consultar con tu médico para que estudie si podría deberse a otra causa o si requieres algún tratamiento específico.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.