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No, no le quita los nutrientes a la fruta, pero sí le estás aumentando la cantidad de calorías y la cantidad de carbohidratos a tu dieta. La fruta tiene muchos azúcares simples (aunque no te sepa muy dulce) y si le agregas más, entonces estarás consumiendo más azúcar y más calorías, que pueden hacerte ganar peso (dependiendo la cantidad).
Mi recomendación es que trates de consumir la fruta sola, ya que es un alimento saludable y no está procesado, por tanto no podría afectar tu salud.