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La diarrea que persiste por 2 o más días si disminuye la efectividad de las pastillas anticonceptivas y en éste caso (si los síntomas se presentan por 2 o más días) será necesario que repitas las dosis y uses un método anticonceptivo adicional (preservativo o de emergencia según el caso).
Por otro lado, amoxicilina puede alterar la flora intestinal así que puede disminuir la absorción del medicamento y por ende la efectividad, si bien está descrito que el riesgo de falla es bajo, te recomiendo usar un método anticonceptivo adicional (preservativo) durante el tratamiento con la amoxicilina y por al menos 7 días después de haber terminado el antibiótico para mayor seguridad.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.