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No, los efectos secundarios de los anticonceptivos de emergencia duran en promedio 3 días (a excepción de las irregularidades de la mesntruación que pueden persistir por semanas e incluso meses después de la toma), así que los síntomas que presentas actualmente no deben estar siendo causados por el anticonceptivo.
Por los síntomas que describes, considero que podría tratarse de un cuadro digestivo: irritación frente a algún alimento, colon irritable, gastroenteritis (infección), etc.
Cómo medidas generales te recomiendo mantener una dieta balanceada y con bajo contenido de grasas, azúcares y picantes.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.