La diferencia está en el tipo de virus. Cada enfermedad es producida por un tipo distinto de virus pero es trasmitida por el mismo vector: mosquito del género Aedes. Clínicamente las más similares son el Chikungunya y el Dengue clásico, esto por los dolores articulares, fiebre, vómito y diarrea; así como por la intensidad de los síntomas. Para diferenciarlos es necesario hacer la prueba en sangre.
El Zika es menos intenso y solo es sintomático en el 20% de los casos.