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Considero que el primer sangrado que presentó tu pareja (el manchado leve) fue debido al anticonceptivo de emergencia (efecto secundario que es muy común) y que el segundo muy probablemente si fue la menstruación.
Sólo con las características del sangrado (cantidad, duración, etc), no es posible establecer de forma específica la causa de cada sangrado, aunque la efectividad de los anticonceptivos de emergencia es mayor al 96%, así que considero muy poco probable que el manchado haya sido debido a implantación (embarazo).
Les recomiendo consultar con un profesional para que pueda indicarles un método anticonceptivo adecuado, además les sugiero el uso habitual del preservativo dado que éste además de brindar protección anticonceptiva, los protege contra enfermedades de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.