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Es poco probable, si bien existen diferentes tipos de láser, considero que al realizar éste procedimiento en cuero cabelludo podría quedar un área cicatrícial sin pelo.
El láser hace referencia a una emisión de luz y la mayoría alcanza capas profundas de la piel por lo que podría lesionar el folículo piloso y evitar el crecimiento de pelo en la región donde tienes el lunar.
Si bien no es posible indicar de forma definitiva que esto puede suceder, si es un efecto secundario esperado.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.