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Sí, es muy probable.
Luego de tomar la pastilla de emergencia es normal que presentes trastornos menstruales, alteraciones y variaciones en el siguiente ciclo, manchado intermenstrual, es decir, lo que te está ocurriendo se considera normal y muy probablemente ese manchado correctamente a la menstruación que va a empezar a regularse nuevamente.
Aunque siempre para estar completamente tranquila de que no sea un embarazo es necesario tomar una prueba, pero tu ya has realizado 2 pruebas y han reportado negativas, por lo que luego de descartar un embarazo, el trastorno se explica por los efectos secundarios de la pastilla de emergencia.
Te sugiero iniciar un método de planificación familiar y de esta manera tendrás una sexualidad más tranquila.
Espero haberte orientado, si tienes alguna otra inquietud ¡escríbenos!