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Si puede afectar tu ciclo menstrual, ya que es un efecto secundario de la inyección anticonceptiva.
Lo que si está afectada es la utilidad como método anticonceptivo, debes usar otro método anticonceptivo (como el condón) durante la semana posterior a la aplicación de la inyección.
Usa también un condón cada vez que tengas sexo vaginal. El uso de condón es la única forma de evitar el contagio de ETS. Por lo tanto, combinar las inyecciones con condón es la mejor opción.
Espero que mi respuesta sea útil.