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Si es normal ya que uno de los efectos adversos más comunes de los anticonceptivos que contienen hormonas (cómo implanon) es producir irregularidades del ciclo menstrual: sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, variación en la cantidad de sangrado menstrual, entre otros, así que lo mas probable es que tus síntomas si se deban a un efecto secundario común del medicamento.
Éste tipo de anticonceptivos tienen un efectividad mayor al 99%, así que las probabilidades de embarazo son mínimas (menores al 1%) aún teniendo contacto con liquido seminal, pero si te sugiero el uso del preservativo ya éste no solo te brinda protección anticonceptiva sino que también te protege contra enfermedades de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.