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Depende, si con el reflujo gastroesofágico presentas episodios de vomito dentro de las primeras 2 horas después de la toma del anticonceptivo la efectividad si podría verse afectada, si no presentas vomito la acción debería mantenerse normalmente.
Cómo medidas generales para disminuir los síntomas te recomiendo mantener una dieta balanceada evitando alimentos grasosos, muy dulces o en abundante cantidad que puedan empeorar los síntomas, además de permanecer con el tronco recto por al menos 2 - 3 horas después de comer y puedes dormir semidentada.
Existen medicamentos antiácidos cómo hidróxido de aluminio que ayudan a disminuir los síntomas, pero si se hacen muy persistentes deberás consultar con tu médico para que determine si requieres algún tratamiento específico.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.