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Realmente es poco probable que un quiste en un ovario pueda dificultar la visualización de un embrión en la ecografía transvaginal, no importa su tamaño, esta completamente separado del útero que es el lugar donde se busca al embrión.
La ecografía transvaginal es muy precisa para visualizar un embrión, es posible que aún esté muy pequeño y no se logre visualizar, pero no creo que el quiste tenga algo que ver.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.