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Puede ser normal por culpa de la inyección. Uno de los efectos adversos de la inyección puede ser la alteración de ciclo menstrual, y la presencia de sangrados o ausencia de estos.
Teniendo en cuenta que usaron anticonceptivo inyectable + preservativo, la pro abilidad de embarazo es supremamente baja, casi nula, por lo que no deberían preocuparse.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.