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Sí, sí puedes aplicarte la vacuna sin ningún problema.
La vacuna contra la influenza NO ha demostrado ninguna interacción clara con la efectividad de los anticonceptivos, por lo que no deberías preocuparte.
Sin embargo, si tu duda y miedo es muy grande por prevención podrías usar preservativo por al menos 7 días después de la vacuna, de este modo te sientes más tranquila.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.