Tengo como un flujo color café oscuro a qué se debe ¿Puede ser por la pastilla o es un sangrado de implantación?

Teniendo en cuenta la situación descrita, lo más probable es que el sangrado que presentas sea secundario su consumo de la píldora de emergencia, dado su elevada carga hormonal. También puedes presentar:

• Alteraciones menstruales.
• Dolor abdominal.
• Dolor de cabeza.
• Sensibilidad mamaria.
• Nauseas y vómito.
• Fatiga.
• Cambios de humor. 

Las posibilidades de embarazo en tu caso son extremadamente bajas, por lo cual es poco probable que el sangrado sea de implantación; ya que consumiste la píldora de emergencia dentro de las primeras 72 horas de la relación sexual, mientras más pronto mayor efectividad como en tu caso, siendo más precisa:

• Primeras 24 horas 95% de efectividad.
• Primeras 48 horas 85% de efectividad.
• Primeras 72 horas 58% de efectividad. 

Además de ello, te encontrabas con la menstruación, periodo en el cual no se encuentra de por sí un óvulo listo para ser fecundado.

Recuerda que las píldoras de emergencia solo deben usarse en situaciones excepcionales, como lo son falla del anticonceptivo de rutina o relaciones sexuales sin protección, por lo cual si no te encuentras bajo una terapia de planificación, te recomiendo acudir a una valoración médica, para que se te indique la terapia que mejor se adapte a ti. Ten presente el uso de preservativos, los cuales, además de embarazos protegen de enfermedades de transmisión sexual.

Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.