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Si utilizaste el condón de manera correcta, es muy poco probable que estés embarazada, de allí que ésta no debería ser la primera causa a descartar en el cuadro que presentas.
Es más probable que por el dolor y las molestias al orinar, tengas un cuadro de cistitis aguda, la cual puede o no, ser de causa infecciosa.
Te aconsejo hidratarte bien, consumir agua abundante, alimentos ricos en vitamina C (naranja, limón, fresa, mango) para acidificar el pH de tu orina, lo que a su vez disminuye la producción de bacterias en ésta; y si en 48hr las molestias persisten, acudir a valoración médica para descartar otras causas del cuadro.
Recuerda continuar practicando una vida sexual sana, con el uso de preservativo que te protege frente a infecciones de transmision sexual y embarazos no planificados.
Espero haberte orientado. Gracias por tu consulta.