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Lo más probable es que el enrojecimiento sea secundario a las mismas lesiones del herpes, usualmente las vesículas o ampollas del herpes aparecen sobre una área de piel o mucosa enrojecida, seguramente éste enrojecimiento también desaparecerá al completar el tratamiento.
Normalmente las lesiones del herpes no dejan ninguna cicatriz o secuela cuando desaparecen, lo más probable es que no te quede ninguna marca cuando desaparezca por completo.
Es importante recordar que el herpes es una enfermedad de transmisión sexual muy común, que no tiene cura, lo que significa que así las lesiones desaparezcan con el tratamiento, pueden volver a aparecer después de un tiempo, especialmente cuando tu sistema inmune se vea afectado (estrés, cirugías, gripas, otras enfermedades, etc).
Espero haberte ayudado, no dudes en contactarnos nuevamente si tienes preguntas adicionales.