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La pruebas de embarazo son confiables después de 15 días de la relación sexual con la primera orina del día, a los 10 días es confiable si se realiza en sangre, por ello te recomiendo que repitas la prueba para estar seguros de que no se trata de un embarazo pues has tenido relaciones sexuales sin protección.
Si la prueba es negativa, entonces podemos pensar que se deba alguna alteración como un desorden hormonal, verás la irregularidades menstruales la mayoría tienen una causa y es posible tratarse para que el periodo pueda regularse, pero para esto es necesario acudir con tu médico para que pueda iniciar un protocolo de estudio.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.