es malo usar crema vaginal clotrimazol teniendo flujo café oscuro?

No, no es malo, puedes utilizarlo si tienes este flujo tal como te lo indico tu médico, sin embargo si el flujo comienza aumentar o presentas tu sangrado de menstruación lo mas recomendable es suspenderlo y continuarlo cuando finalice el sangrado, el manchado no afecta.

Las infecciones vaginales se pueden prevenir, te sugiero que sigas las siguientes recomendaciones para prevenir futuras infecciones:

• Usa ropa interior que sea de algodón, ya que la ropa interior que no es de algodón permite que se genere más calor y sudoración.
• Usa toallas sanitarias y tampones que sean de algodón.
• No hagas duchas vaginales constantes.
• Realiza cambio continuo de toallas femeninas o tampones.
• Manten tu área vaginal limpia y seca, debes lavar solo la parte externa de la vagina todos los días con un jabón suave, luego enjuagarla y secar bien el área.
• No uses jabones perfumados, baños de burbujas o espumosos perfumados, tampones aromatizados, talcos vaginales o desodorantes vaginales en aerosol. 
• Evita la ropa ajustada o húmeda, si tienes que usar ropa ajustada, no la uses por períodos prolongados.
• Ten relaciones sexuales seguras (usa preservativo).
• Evita el estrés.

Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.