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La respuesta a tu pregunta es si, uno de los efectos adversos más comunes de los anticonceptivos que contienen hormonas (pastillas, inyecciones, implantes, etc) es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, entre otros.
Así que tu ciclo si puede desordenarse secundario al anticonceptivo, si éste síntoma te molesta mucho, puedes consultarlo con tu médico para que éste determine si requieres algún tratamiento específico o incluso cambio del método por uno que toleres mejor.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.