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Si, debes continuarlo, esto es completamente normal por el uso del metronidazol.
El metronidazol puede producir cambios en el color de la orina, y menos frecuentemente en las deposiciones, esto NO es para preocuparse y mucho menos para interrumpir el tratamiento.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.