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No, esto no afecta la función de la inyección, si usas métodos anticonceptivos la vacuna no disminuye su efecto. Toma en cuenta que dependiendo de la inyección te protegerá de solo algunos tipo de VPH y no de todos.
Si no deseas un embarazo, es necesario que hagas uso de un método anticonceptivo en todo momento de la relación, los métodos naturales no se recomiendan pues tienen alto porcentaje de falla.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.