Tuve relaciones con protección el ultimo día de mi menstruacion,ósea que ya no sangraba nada pero hubo un momento donde mi novio se quitó el condon como por 5 m...(ver más)

Si hay probabilidad de un embarazo en ambas situaciones, aun con el uso de la pastilla anticonceptiva de emergencia pues esta no es 100% efectiva.

Lamentablemente el sangrado no descarta un embarazo, a pesar de que el riesgo es bajo por la toma de la pastilla anticonceptiva de emergencia la única forma de descartar un embarazo es realizando un prueba de embarazo a los 10 días de la relación sexual está puede ser con la primera orina del día o en sangre, ambas son confiables en un 99.9%. 

Los síntomas que has presentado si pueden deberse a la pastilla, pues puedes presentar sangrados o manchados 3 a 7 días después de la toma de la pastilla anticonceptiva de emergencia, y/o presentar adelanto o retraso de la menstruación pero no mas de 3 semanas.

Recuerda que la pastilla anticonceptiva de emergencia no es un método de planificación familiar por lo tanto debe solo utilizarse cuando realmente se requiera, se debe limitar a 3 veces al año porque puede causar alteraciones hormonales.

Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.