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Siempre que se tengan relaciones sexuales existe riesgo de embarazo, no indicas si usaron algún método anticonceptivo, pero en caso de que no, las probabilidades son mucho mayores.
Por otro lado, no indicas si la prueba fue realizada en sangre o en orina, ya que, para que los resultados sean confiables, en sangre la prueba debe realizarse a los 10-14 días de la relación sexual (en tu caso el resultado negativo ya sería confiable) y en orina hacia las 3 semana (así que podría ser necesario repetir el examen).
Por otro lado, la presencia de la menstruación disminuye las probabilidades de embarazo, aunque no lo descarta, en éste caso no me es posible indicarte un porcentaje específico de riesgo para embarazo.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.