Me puede hacer daño a algún órgano el tomar la pastilla del dia después por una rotura de preservativo?

No, la pastilla del día después no produce daño a organos y sistemas del cuerpo, solo ciertos efectos adversos, dentro de los cuales se incluyen:

• Descontroles menstruales (retrasos)
• Sangrados irregulares intermenstruales
• Dolor abdominal y cólicos. 
• Cambios en la duración y cantidad de la menstruación
• Sensibilidad o dolor mamario
• Cambios repentinos de humor
• Nauseas e incluso vomito.

La píldora del día después solo debe ser usada en casos de fallos en el método anticonceptivo, y bajo ninguna circunstancia debe ser usada o considerada como método de planificación regular. Te recomiendo acudir a consulta de planificación para iniciar un método anticonceptivo hormonal, que permita evitar un embarazo no deseado de manera segura. Recuerda que el condón es el único método anticonceptivo que evita el contagio de enfermedades de transmisión sexual. Espero haber sido de ayuda, no olvides calificarnos.