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Gastritis
Sí, se puede tener VPH (Virus del Papiloma Humano) en una sola parte del cuerpo y sí, pueden existir lesiones dentro de la boca; estas tiene las características de los condilomas, que como ya sabes se parecen a un coliflor; en tu caso, las lesiones, de acuerdo a lo que nos describes, no parecen tener esas características.
Ahora bien, entiendo tu temor en relación con el cáncer, a este respecto quiero que sepas que existen, a groso modo, dos tipos grandes de VPH, un tipo "benigno" que es el que causa los condilomas y un tipo "maligno" que es el que puede asociarse a la presencia de cáncer; de manera que el hecho de que tuvieras VPH oral (reitero no pareciera ser el caso), no necesariamente va a implicar que desarrollarás cáncer orofaríngeo.
Mi recomendación en tu caso es que consultes con un profesional de la odontología, para que evalúe las lesiones y pueda precisar el diagnóstico y el tratamiento.
Espero haberte orientado.