es normal tener flujo grumoso y picazón después de un tratamiento con óvulos de metronidazol?... tengo 2 meses de embarazo

No, no es normal.

Es necesario confirmar que la infección haya sido completamente tratada, en ocasiones hay infecciones más graves que no mejoran con el tratamiento del metronidazol y requieren de otro tipo de medicamentos.

Si este flujo persiste por más de 1 semana, debes asistir con tu médico tratante o ginecólogo para realizar estudios e iniciar otro tipo de tratamiento.

Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.