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No, no afecta en nada que consumas una píldora de la caja de repuesto, siempre y cuando la que vas a sustituir se corresponda con una píldora activa (todas tienen la misma carga hormonal sin importar la caja) o una de placebo, es decir, si por ejemplo, la que se te cayo era una píldora activa, puedes consumir sin ningún problema otra píldora activa de la caja de repuesto y de la misma forma si hubiera sido con las píldoras de placebo.
Recuerda consumir diariamente y a la misma hora tus píldoras anticonceptivas y ten presente que no protegen frente a enfermedades de transmisión sexual, por lo cual te sugiero el uso adicional de preservativos.
Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.