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Es posible que esas bolitas sean aftas, estas son lesiones que produce dolor o ardor con el contacto, usualmente no requieren de ningún tratamiento para mejorar, ya que mejoran solas en 3 a 4 días.
Sin embargo, podrías aplicarte en la boca un antiséptico con anestésico local en spray, estos los venden en las droguerías y ayudan a mejorar las molestias de las aftas.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.