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La respuesta a tu pregunta es no, los anticonceptivos implantables están diseñados para tener una duración específica de tiempo y no deben dejar de funcionar antes del mismo.
Adicionalmente, algunos de los efectos adversos de éstos medicamentos son el dolor en el busto y aumento del flujo vaginal, así que considero que es muy probable que los síntomas sean secundarios al anticonceptivo y no por disminución del efecto.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.