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La probabilidad de un embarazo es bastante baja, lo que puede estar causando las alteraciones menstruales es la pastilla anticonceptiva de emergencia (postday), verás la pastilla de emergencia contiene altas cantidades de hormonas con el fin de evitar un embarazo, pero esta cantidad de hormonas puede provocar alteraciones menstruales como presentar un sangrado 3 a 8 días después de la ingesta, también provoca que se adelante o se atrase la menstruación pero no mas de 3 semanas.
Lo mas recomendable en su caso es que esperen a que llegue la menstruación, si ya tiene mas de 3 semanas de retraso entonces es necesario que se realice una prueba de embarazo. Se cuenta como retraso desde el día que debió llegar.
Recuerda que la pastilla anticonceptiva de emergencia no es un método de planificación familiar por lo tanto debe solo utilizarse cuando realmente se requiera y en su caso si estaban utilizando el condón no era necesario pues es si no hubo eyaculación es muy poco probable que el líquido preseminal saliera, se debe limitar a 3 veces al año porque puede causar alteraciones hormonales.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.