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No tienes de que preocuparte, estabas protegida en un 98 a 99% en tu relación sexual, verás la razón por la que tu menstruación no llega es porque la inyección trimestral es un anticonceptivo a base de progesterona, al solo contener progesterona puedes presentar alteraciones menstruales e irregularidades, algunas mujeres notan que su sangrado va disminuyendo al punto de solo tener manchados, otras notan solo que su sangrado es mas leve, otras presentan sangrados entre menstruaciones, algunas presentan sangrados abundantes y un porcentaje de mujeres como tienen ausencia de la menstruación. Es un efecto esperado del anticonceptivo, esto no te causará alguna repercusión en tu salud y tampoco disminuye su efecto anticonceptivo. No tienes que preocuparte.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.