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No indicas qué tipo de anticonceptivo usas, por lo que no me es posible saber de forma exacta los componentes de las pastillas, sin embargo, no se encuentra descrito que la vacuna contra la influenza interactúe con anticonceptivos orales (ni inyectables, implantes, etc).
Así que la efectividad anticonceptiva no debería verse afectada, sin embargo, si te sugiero el uso habitual del preservativo dado que éste además de brindar protección anticonceptiva, te protege contra enfermedades de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.