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Las infecciones urinarias usualmente son debidas a microorganismos de la vía digestiva que atacan la vía urinaria por contacto (por ejemplo al limpiemos de forma inadecuada y especialmente en las mujeres).
Para responder a tu pregunta, cuándo una infección urinaria no responde a un tratamiento antibiótico inicial (en éste caso la ciprofloxacina) es necesario hacer exámenes especiales que estudien la resistencia del microorganismo frente a diversos medicamentos antibióticos y los que sean susceptibles serán usados para el tratamiento y erradicación de la infección.
Si tu episodio inicial de infección urinaria no resolvió con el antibiótico deberás consultar con tu médico de forma prioritaria.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.