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Si hay probabilidad de un embarazo si has tenido relaciones sexuales sin protección, por lo tanto es necesario que realices una prueba de embarazo ya sea con la primera orina del día o en sangre, ambas serán confiables en un 99.9% a los 15 días de la relación sexual.
Si la prueba es negativa, entonces ya podemos pensar que sea probable que la ausencia de la menstruación sea causado por el uso de la inyección, pues después de utilizarla puede tardar unos meses en que tu menstruación se normalice.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.