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Si, este retraso puede deberse al descontrol hormonal producto de la suspensión de la inyección, lo cual puede perdurar hasta incluso algunos meses para luego si regularizar nuevamente los ciclos menstruales. En tu caso no existe riesgo de embarazo ya que tienes dos pruebas negativas realizadas a un tiempo adecuado que permiten descartarlo de forma segura, de modo que puedes estar tranquila.
En caso de que no estés buscando concebir en este momento te recomiendo acudir a consulta de planificación, para iniciar un método anticonceptivo hormonal que permita evitar un embarazo no deseado de manera segura. Recuerda el uso del condón en cada relación sexual, pues es el único método anticonceptivo que evita el contagio de enfermedades de transmisión sexual. Espero haber sido útil, no olvides calificarnos