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Por el momento es mejor esperar que se mejore completamente, ya que las vacunas pueden causar fiebre y si esta con diarrea no sabríamos si la fiebre es realmente por las vacunas o por una complicación de la diarrea.
Te recomiendo continuar con el tratamiento de la diarrea y cuando se haya mejorado ahí si lo llevas a las vacunas.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.