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La principal diferencia consiste en la concentración de sus componentes (hormonas).
Las inyecciones requieren de una carga de hormonas mucho más alta, ya que sólo se aplican de manera mensual o cada 3 meses, por ende podrían causa más efectos adversos. En cambio las píldoras anticonceptivas al ser tomadas diariamente, van a tener menos hormonas que pueden ser toleradas de una mejor forma por el cuerpo.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.