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No, después de 3 meses de un relación sexual, siempre se verá un embarazo, en caso de estarlo. En tu caso, que solo se observo el endometrio en la ecografía tanto transvaginal como pélvica, se descarta un embarazo por lo que puedes estar tranquila.
.Puede que presentes descontroles en la llegada de tu menstruación por los quistes en los ovarios, de continuar sería conveniente que acudas a tu médico para que indique tratamiento.
Espero aclarar tu duda. Recuerda usar métodos anticonceptivos de barrera como el condón para evitar el contagio de enfermedades de transmisión sexual. No olvides calificarnos.