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Es poco probable que estés embarazada si te realizaste las pruebas de embarazo correctamente y aún después de tres meses están negativas, ya que la sensibilidad de estas pruebas caseras en orina es alta, y pueden detectar un embarazo aún después de una semana de atraso.
Aunque la ausencia de menstruación es uno de los signos de embarazo, también se presenta en casos de irregularidades hormonales, menopausia, exceso de ejercicio, entre otras causas; y estas irregularidades se pueden acompañar de síntomas como los que mencionas: dolor de cabeza, náuseas, mareos, hinchazón de los pechos.
Te recomiendo visitar a tu médico, pues el puede hacerte un exámen físico, ordenarte una prueba de embarazo en sangre,y otros exámenes para ver el nivel de tus hormonas y así determinar cual es la causa de tus síntomas, y el tratamiento a seguir. Espero le sea de ayuda y no olvide calificar.