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No, no afecta la prueba.
La prueba de 4ta generación detecta anticuerpos exclusivos contra el vih-1 y vih-2, así como elementos propios del virus como el antígenos p24, por lo tanto la hace bastante específica con respecto el VIH.
Otras pruebas, por su parte, detectan la presencia de otros microorganismos, pero esta es exclusiva del virus de la inmuno deficiencia humana. Espero haber aclarado tu duda, no olvides calificarnos.