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Es muy probable que la alteración menstrual que presentas se deba a la inyección anticonceptiva, verás al ser un anticonceptivo hormonal puede causar efectos y cambios en el sangrado menstrual como irregularidades, algunas mujeres pueden presentar un sangrado más leve, otras un sangrado más abundante, otras manchado entre menstruaciones y otro porcentaje presenta ausencia de la menstruacion, estos son efectos esperados de la inyección pero no disminuirá su efecto anticonceptivo.
La inyección anticonceptiva es efectivo en un 98 a 99%, si estás aplicando una inyección mensual esta debe aplicarse desde el día 27 al día 33 como máximo desde la última dosis (si es trimestral del día 87 al día 93 como máximo desde la última dosis), si la aplicas en el día correspondiente no es necesario esperar para tener relaciones sexuales sin el preservativo porque estarás protegida desde el primer día, si no la aplicas en los días correspondientes debes esperar 7 días para tener relaciones sexuales sin preservativo, independientemente de cuándo la hayas aplicado en tu caso estás protegida en tu relación sexual por esperar 10 días.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.