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Estás en lo correcto, efectivamente NO estás embarazada.
Cuando hay embarazo no existe menstruación. Si se produjo fecundación y hubo sangrado de implantación, éste es muy ligero y escaso, no dura varios días ni tiene características de fluido menstrual.
En tu caso, ya has tenido menstruación durante 3 meses posterior a la relación sexual de riesgo (según nos indicas), así que de esta forma no existe embarazo.
Te recomiendo estar tranquila, realizar tu vida normal y cuidarte utilizando preservativos para evitar un embarazo no planificado y el contagio de infecciones de transmisión sexual.